Apesar das dificuldades existentes, não só na Federação, bem como nos sindicatos , os trabalhos seguiam por força do interesse, da persistência e da ideologia daqueles que compunham a Diretoria, ou sejam, os presidentes dos Sindicatos estaduais.
Os anos se sucederam e algumas conquistas já eram percebidas, como: a participação efetiva nos debates sobre a lei de extinção do passe, que começara a ser desenhada pelo governo federal, como algo prioritário e que culminou em 1998 com a extinção de tal instituto. Em 1996, houve uma importante conquista para a categoria, obtida pelos sindicatos e por conseqüência, também para a federação, que foi a definição, junto à empresa Panini Brasil, sobre o uso da imagem dos atletas em seus álbuns de figurinhas. Em reunião realizada com a direção da empresa no Hotel Maksud Plaza em São Paulo, ficou definido que a partir daquele ano, só sairiam no álbum àqueles atletas que assinassem autorização do uso de suas imagens, em documento encaminhado e supervisionado pelos sindicatos, e que os pagamentos seriam efetuados diretamente em conta corrente de cada atleta participante.
Em 1997 começou, mesmo sem sabermos, a ser desenhada a independência e o fortalecimento da FENAPAF. Após anos de buscas, os sindicatos conseguiram ter acesso aos contratos de televisão assinados entre clubes e a Rede Globo, para transmissão dos jogos. Por lei, os atletas teriam direito a vinte por cento do valor do contrato, a título de direito de arena, direito este que não era respeitado pelos clubes, que recebiam suas cotas e não repassavam ou pagavam os valores que cabiam, por direito, aos seus atletas. Reunião de formação da FENAPAF, em Brasília.
De posse dos contratos, os sindicatos ingressaram na justiça comum com uma ação que tinha, como réus, a Confederação Brasileira de Futebol - CBF , o Clube dos Treze e as Federações Estaduais de Futebol, cobrando os valores devidos e o direito de conhecer o teor dos contratos assinados.
A ação transcorria de forma favorável aos atletas, já que, em dado momento, o juiz determinou, liminarmente, que fosse retido e depositado em juízo, os valores correspondentes à vinte por cento do direito de arena dos contratos em vigor e dos que viessem a ser assinados. Era a primeira vitória dentro de um processo que, sem dúvida, levaria alguns anos para ser definido. Com a retenção dos valores em juízo, os clubes começaram a se desesperar, fato que gerou o início de tratativas para de um acordo.
Assim, em 18 de setembro de 2000, foi assinado acordo judicial, no qual previa que, a partir de janeiro de 2001, o percentual que passaria a prevalecer sobre o direito de arena seria de cinco por cento sobre o valor total dos contratos, e que os pagamentos deveriam ser feitos somente através dos sindicatos de atletas de futebol, que passaram a ter o direito de receber as cotas diretamente da fonte pagadora, fatos que garantiriam aos atletas de forma efetiva e segura, receber suas cotas de participação no espetáculo. (Acordo este que hoje, por traduzir a vontade das partes, está inserido no PL 5186/2001,que altera a Lei Pelé, e já aprovado por unanimidade na Comissão Especial da Câmara dos Deputados e aguardando votação e aprovação no Congresso Nacional).
O acordo assinado não trouxe somente benefícios aos atletas, mas também um novo momento para todos os sindicatos e para a FENAPAF, pois, ficou definido que os sindicatos poderiam, a titulo de taxa de administração, efetuar descontos autorizados em suas assembléias
